Del mismo modo que existen recomendaciones para la gestión interna y cotidiana de cada tribunal, el presente Protocolo de Actuación considera un conjunto de recomendaciones, derivadas de las etapas previas de diagnóstico y validación participativa, que se orientan a la gestión de organismos e instancias dotadas de responsabilidades y atribuciones genéricas, transversales y de alcance global o nacional en materia judicial. Es el caso de la Corporación Administrativa Judicial, la Academia Judicial y la propia Corte Suprema de Justicia.
Si bien las recomendaciones que a continuación se presentan, no son exhaustivas de todas las tareas que cumplen y cumplirán en lo sucesivo estas instancias centrales, son expresión de la necesidad de adoptar una mirada sistémica al abordaje de la perspectiva de género y diversidad sexual para el ejercicio del derecho de acceso a la justicia y la equidad de género al interior del Poder Judicial.